Le Cirad a développé des liens étroits et diversifiés avec la communauté scientifique brésilienne.
Avec l'Embrapa, acteur central de la recherche agronomique au Brésil, mais aussi avec plusieurs universités, des ministères, des associations de producteurs ou des sociétés privées, le Cirad construit des partenariats de recherche et de développement.
- Empresa Brasileira de Pesquisa Agro-Pecuária (Embrapa)
- Fundacão de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp)
- Diverses universités : Université de São Paulo (USP), de Campinas (Unicamp), de Brasília (UnB), de Santa Cruz-Ilhéus (UESC), Universités Fédérales du Pará (UFPa), de la Paraíba (UFPb), du Santa Catarina (UFSC)...
- Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (Ibama)
- Comissão Executiva do Plano da Lavoura Cacaueria / Centro de Pesquisas do Cacau (CEPLAC/CEPEC)
- Instituto Agronômico do Paraná (Iapar)
- Cooperativa central agropecuária de Desenvolvimento Tecnológico e econômico (Coodetec)
- Instituto Agronômico de Campinas (IAC)
- WWF-Brasil