O Cirad desenvolveu ligações próximas e diversificadas com a comunidade científica. Com a Embrapa, ator principal da pesquisa agronômica no Brasil, mas também com várias universidades, com ministérios, associações de produtores ou empresas particulares, o Cirad constrói parcerias de pesquisa e desenvolvimento.
- Empresa Brasileira de pesquisa agro-pecuária (Embrapa)
- Fundacão de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp)
- Varias universidades : Universidades de São Paulo (USP), de Campinas (Unicamp), de Brasília (UnB), de Santa Cruz-Ilhéus (UESC), Universidades Federais do Pará (UFPa), da Paraíba (UFPb), do Santa Catarina (UFSC)...
- Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (Ibama)
- Comissão Executiva do Plano da Lavoura Cacaueria /Centro de Pesquisas do Cacau (CEPLAC/CEPEC)
- Instituto Agronômico do Paraná (Iapar)
- Cooperativa central agropecuária de Desenvolvimento Tecnológico e Econômico (Coodetec)
- Instituto Agronômico de Campinas (IAC)
- WWF-Brasil